Até onde eu sei, um volume Truecrypt baseado em arquivo não depende de nenhum detalhe de hardware, você pode copiar o arquivo para outro computador usando métodos normais e deve ser capaz de usá-lo lá.
Considere o link - isso sugere que o hardware é irrelevante.
Não sei por que você vê os resultados que descreve.
Sei que danos em um sistema de arquivos podem ocorrer se ele ficar off-line sem liberar gravações (por exemplo, desligando o computador sem desmontar o volume primeiro) - suponho que isso também se aplique aos volumes TrueCrypt. Eu não sei se esse tipo de coisa poderia ter ocorrido no seu caso?
I had a backup of most, but not all of the files involved. Other than that I'm just curious … how I can prevent it next time.
Acho que você respondeu sua própria pergunta.