Eu faria o seguinte:
- cópia de 320 GB para unidade de 1 TB
- tire uma unidade de 320 GB e veja se o Windows inicializa (talvez seja necessário conectar o disco rígido de 1 TB à porta à qual a unidade de 320 GB costumava estar conectada)
- no caso do Windows não inicializa - > fazer todas as correções até que o Windows inicialize a partir do disco rígido de 1 TB
- reconecte a unidade de 320 GB, inicialize a partir da unidade de 1 TB e exclua a unidade de 320 GB.
- agora você tem uma unidade limpa de 320 GB e sua unidade de 1 TB com janelas e seus dados
- inicializa a partir do ubuntu install cd (ambas as unidades conectadas !!)
- instale o ubuntu na unidade de 320 GB. O Ubuntu irá então modificar o gerenciador de partida no disco de 1TB, para que você possa escolher @ inicialização do computador que sistema operacional você quer usar.
Existem, obviamente, formas alternativas, mas o que você NÃO deve fazer é instalar o ubuntu enquanto o outro disco rígido estiver desconectado - a menos que você queira desconectar os discos rígidos no futuro.