A partir do hibername (suspender para o disco), requer que você faça uma inicialização a frio completa. Em algum momento no initrd, acredito, ele irá verificar se há uma imagem de hibernação para restaurar. Se um não for encontrado ou for incompatível, ele continuará a ser inicializado.
Então, deve funcionar presumindo que você possa inicializar o dispositivo e configurar o TuxOnIce (ou qualquer que seja o método usado, não me lembro) para fazer e restaurar a imagem corretamente.
Eu usei o hibernate em sistemas Debian squeezy em HDD e SSD, e ele simplesmente funciona. Eu nunca tentei arrancar a partir de qualquer coisa fora do USB, no entanto. Eu sugeriria tentar e relatar se funcionou:)