Eu formataria suas partições do disco rígido e começaria de novo. Você também pode fazer um diagnóstico de disco e ver se há setores defeituosos, etc.
Quando movemos uma máquina, colocamos o Linux e precisamos dele para voltar ao Windows. Usamos o LiveCD do GPart e inicializamos isso. Quando o GParted é carregado, apago todas as partições e formato de volta para o NTFS.
O Windows não atua nos sistemas de arquivos do Linux, então é assim que somos obrigados a fazê-lo. Como uma nota lateral, o processo GParted é bastante rápido também.