Provavelmente você pode resolver suas configurações do KDE em ~/.kde ou remover seletivamente aquelas que parecem pertencer ao shell da área de trabalho. Desculpe eu não estou ciente de um método exato, desde que eu não usei o KDE 3 em idades. (Você deve atualizar para 4, é estável o suficiente, você provavelmente não encontrará muitos recursos faltando).