Para o seu HTML, PHP, CSS e outros arquivos baseados em texto, eu recomendo um sistema de gerenciamento de código-fonte como Git . Você pode hospedar isso em seu próprio servidor ou usar uma solução de hospedagem de terceiros, como o GitHub . Isso permitirá que você mescle as alterações de várias pessoas, visualize os arquivos como eram em qualquer momento no passado e trabalhe em vários novos recursos / alterações ao mesmo tempo sem atrapalhar as coisas. Se você quiser mais informações, este guia pode ser apropriado: Controle de versão para designers .
(Isso também funcionará para seus arquivos PSD e quaisquer outros arquivos, mas você não poderá mesclar as alterações muito bem com elas, apenas acompanhe o histórico de versões.)
O Git também suporta marcação , que permite que você acompanhe nomes de versões, como "v1".