Eu diria que o seu Aptana Studio não roda com os mesmos privilégios que os usados para mapear a unidade de rede.
Atualmente tenho 2 compartilhamentos de rede mapeados. Um é uma biblioteca do SharePoint e um é um compartilhamento de arquivos. Eu mapeei ambas usando as credenciais da minha conta de usuário de domínio. Ao abrir o Aptana Studio, ambos os locais mapeados aparecem bem e são acessíveis.
Quando inicio meu Aptana Studio "como Administrador", instantaneamente recebo a situação que você descreve (ambos mapeavam a localização da rede mostrada com um "X" vermelho e não eram acessíveis).
Então, eu diria que você precisa ajustar seus mapeamentos de compartilhamento de rede ou a conta de usuário em que você executa o Aptana Studio.