Eu não acho que haja uma maneira de especificar os arquivos de nome de caminho dentro do arquivo zip, então você não pode dizer "store /var/tmp/Readme.txt" como doc / Readme.txt ".
Você teria que criar primeiro o layout do diretório no disco, como uma espécie de área de preparação:
mkdir doc
cp -p /path/to/Readme.txt doc
zip foo.zip doc/Readme.txt