Eu trabalho com XML e inDesign.
O layout do indesign deve ser criado estritamente para o seu arquivo XML, os quadros marcados não são suficientes.
Você pode postar algumas linhas do seu arquivo XML para que eu possa ajudá-lo a ajustar seu layout?
EDITAR:
Ok, você está certo.
Se todos os itens forem idênticos, exclua todos, exceto o primeiro item.
Em seguida, pressione Ctrl + Deslocamento e clique na primeira página para substituir o quadro de texto principal.
Arraste seu nó raiz (saída) do painel de estrutura para o quadro de texto.
Agora o modelo está pronto.
Tente importar o arquivo XML e informe-me.