Eu encontrei a resposta para a primeira pergunta, como renomear a máquina virtual, seus arquivos e seu disco rígido para que seja mais fácil organizar as coisas se você clonar uma máquina virtual para cada novo projeto de desenvolvimento.
Você pode usar o comando (no diretório VMware): vdiskmanager -n "orig name" "new name". Eu testei no Mac, Windows e Linux e essa parte funciona. Referência e mais detalhes
Isso renomeia o disco rígido virtual, mas a VM ainda não é renomeada e a VM precisa ser informada de que o nome do HD foi alterado.
Primeiro edite o arquivo .vmx e mude a linha que faz referência ao nome antigo do seu disco rígido, no meu caso isso foi
scsi0: 0.fileName="nome antigo"
Em seguida, você pode renomear com segurança todos os arquivos no diretório da VM que não terminam em .vmdk (os arquivos de disco da máquina não virtual) para o novo nome de sua máquina virtual.
Por fim, dentro da sua VM Library você muda o nome que aparece na lista para combinar com o novo nome e está tudo pronto!
Parece que deve haver uma maneira mais simples, mas depois de muita frustração, agora conheço os trabalhos acima!