Bem, um "Vírus do Windows" não será executado sem o Wine, e se você ver que o vinho está sendo executado enquanto não estiver realmente usando, verá qual programa está realmente usando. Mas é muito improvável que você consiga um vírus desse jeito, não posso dizer que seja impossível, mas agora você sabe como detectar um, se existir.
Então eu não me preocuparia com vinho e vírus, porque se você receber um, será através de seu navegador de internet ou e-mail, com certeza.