Isso pode ser causado por um places.sqlite corrompido ou pela importação de um backup HTML que criou essas pastas extras e normais, em vez de colocar os marcadores nas pastas de marcadores raiz existentes que possuem os ícones especiais.
Verifique este link para obter mais informações.
Também dê uma olhada neste addon : ele executará algumas tarefas de manutenção no seu navegador e reindexar o arquivo sqlite.
Este link ("kb.mozillazine.org/Places.sqlite") explica o que é sqlite e o que isso tem a ver com o Firefox. Se você estiver interessado.