Você menciona dois scanners antivírus - tem certeza de que está executando exatamente um? Uma vez eu tive dois scanners rodando ao mesmo tempo e isso tornou o notebook inutilizável, exigindo um formato.
A abertura de outros aplicativos também leva mais tempo do que o normal? Minha aposta é em algo abusando do seu disco rígido - talvez o Evernote esteja indexando alguma coisa? Ou o Windows possui alguns índices? A verificação do que está usando a unidade é explicada em outra resposta do superusuário .
Quanto ao explorador iniciar instantaneamente - isso é explicado pelo fato de que o explorer é parte do shell do Windows - sem o processo, não haveria barra de início ou ícones da área de trabalho.