Você já tentou a solução que eu sugeriria, mas já ouvi falar desse problema antes. Meu cunhado teve um problema semelhante e ele acabou bricking 5 iPhones (todos substituídos pela Apple).
Se tudo ainda estiver sob garantia, você provavelmente deverá levá-lo a uma loja da Apple e reproduzir o problema com eles. Quando meu cunhado fez isso, os gênios não acreditaram até que eles próprios o reproduzissem, acrescentando mais dois telefones no processo.
Completamente Removendo e substituindo o iTunes, ele foi corrigido para ele, mas vejo que você já tentou isso.