O que você vê na GUI é configurado via GSettings em org.gnome.system.proxy
.
Veja todas as chaves disponíveis e seus valores:
$ gsettings list-recursively org.gnome.system.proxy
Defina valores específicos de acordo com o seu exemplo:
gsettings set org.gnome.system.proxy mode 'manual'
gsettings set org.gnome.system.proxy.socks host '127.0.0.1'
gsettings set org.gnome.system.proxy.socks port 9050
Lembre-se, no entanto, de que isso não força todos os aplicativos a usar proxy. Essa é apenas uma recomendação que um aplicativo pode ignorar. Por exemplo, por padrão, o Firefox está configurado para honrar o proxy do sistema, mas você pode ir para as configurações e alterar "Usar configurações de proxy do sistema" para "Sem proxy".