Você não tem o conjunto de variáveis de ambiente DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS, portanto as alterações não são compatíveis. Como seu usuário, anote a saída de
echo $DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS
e depois no comando root use
export DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS=xxxxx && dconf write ...
que deve funcionar.
Depois de lutar contra a tentativa de esconder o socket por algum tempo, uma solução de trabalho para obter automaticamente o endereço é pegá-lo por meio de um ambiente de processo:
# requires a GUI session program that will always run:
p='pgrep -u \'whoami\' gnome-panel'
r='grep -z DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS /proc/$p/environ | sed 's/^[^=]*=//''
export DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS=$r
É claro que você teria que escolher algo diferente de gnome-panel se você não estiver executando isso.
Funciona também para SSH_AUTH_SOCK. Basta deixar isso aqui para ajudar as pessoas que até agora pesquisaram sem sucesso (como eu;)).