Parece um erro para mim, seja no cliente ou no servidor.
Enquanto você afirma corretamente que isso não deve ser causado pelo modo de transferência ascii / text (porque o problema não é sobre o fim da linha), eu tentaria o modo binário de qualquer maneira.
Como no modo ascii / text, tanto o cliente quanto o servidor podem modificar o arquivo, e um bug no respectivo código pode causar a corrupção. No modo binário, nenhum dos lados deve tocar no arquivo, portanto, uma chance de corrupção é menor.
Observe que, no Windows, o FileZilla não deve modificar o arquivo no upload, mesmo no modo ascii / text, pois o formato do modo de texto FTP é idêntico ao formato de texto nativo do Windows.