Eu encontrei o problema. Acontece que havia uma pasta que só podia ser acessada com permissões do sistema em algum lugar no fundo de uma árvore de diretórios. A maneira que eu verifiquei arquivos com permissões de nível do sistema é através do FileZila Server: ele é executado automaticamente como serviço do sistema e com um cliente de FTP você pode ver todos os arquivos (mesmo em informações de volume do sistema). Mas como o nome do diretório começa com um espaço e os erros do Filezilla, o diretório parece estar vazio do ponto de vista do Filezilla.
Em suma, uma combinação de circunstâncias que me fez perder um diretório enorme em algum lugar. Nada suspeito em NTFS ou Windows depois de tudo.
A maneira que eu encontrei foi, eventualmente, executando spacemonger como sugerido por @magicandre1981 em um comentário. Eu não esperava encontrar nada além do que outros programas já tinham (eu já usei algumas ferramentas de indexação de espaço), mas este também me disse quais diretórios ele não podia escanear (ou seja, System Volume Information, e o que eu tinha esquecido) ). Em seguida, alterei a propriedade do diretório para poder inseri-lo como administrador e removi todos os arquivos.