O PPA budgie-remix inclui uma versão do nautilus que não possui o patchwork unitário para exibir menus.
Obudgie-desktop não funciona muito bem com a versão mais antiga do Nautilus no repositório principal do 16.04. Esse problema afeta somente 16.04 usuários - 16.10 e versões posteriores usam a versão principal do repositório do Nautilus.
Dado que você removeu o desktop budgie, presumo que tenha terminado de experimentar. Você precisará limpar o PPA também para que o nautilus seja rebaixado da versão GTK + 3.18 no PPA para a versão antiga do GTK + 3.14 que está no repositório principal.
sudo ppa-purge ppa:budgie-remix/ppa