Eu acho que o problema é que as partições são diferentes e o "espaço físico livre" é diferente. O registro mestre de inicialização só pode ter 4 partições. Significa:vocêpodemesclaresseespaçolivre
ThetotaldatastoragespaceofaPCHDDcancontainatmostfourprimarypartitions,oralternativelythreeprimarypartitionsandanextendedpartition.ThePartitionTable,locatedinthemasterbootrecord,contains16-byteentries,eachofwhichdescribesapartition.:
Wikipedia
Você pode instalar o GUID-Partition-Table (não tenho idéia de como fazer isso manualmente), mas normalmente todo sistema Linux instalado em um instalador gráfico faz isso sozinho! E adiciona o GRUB como bootloader. Também um sistema multi-boot (como você descreveu) não é possível usando o MBR puro.
Porque o GPT pode ter até 128 partições primárias. Espaço livre significa = espaço livre. E você pode mesclar e formatá-lo como desejar. É por isso que o Linux instala por conta própria.
Eu recomendo apenas fazer backup do seu sistema e instalar o gpt.
Espero que isso tenha sido útil!