Já pensou em usar uma ferramenta de particionamento para criar uma partição nesse espaço de um tipo que o Windows não pode usar? O Windows veria o espaço como alocado mas não utilizável por ele, portanto, não leria nem tentaria colocar nada lá. Não tenho certeza se as ferramentas da Microsoft podem criar partições não compatíveis, mas parted em um disco de inicialização do Linux pode fazê-lo. Para evitar confusões futuras ("o que é essa partição e alguma coisa importante lá?"), Talvez seja uma partição ext2 / 3 real vazia ou com uma pequena nota, mas facilmente legível em outro computador, se necessário.