Não pergunte o que você pensa precisa ser feito. Poste qual é o problema real, porque acho que você está fazendo a pergunta errada.
Se você corrompeu o Windows e deseja apenas inicializar o computador para obter alguns arquivos em uma unidade externa, basta instalar o Windows sobre a partição existente (apenas não formatá-lo) e, em seguida, você poderá inicialize o computador.
Alternativamente, você pode usar o UBCD para redimensionar sua partição existente, instalar o Windows em uma nova, mover seus arquivos e, em seguida, formate o original e, em seguida, mova os arquivos de volta e mescle as partições.
Ah, e apenas um FYI, a formatação é excluindo todos os dados. Basicamente, ele limpa as informações do sistema de arquivos da partição, bem como todas as tabelas de arquivos e estruturas de diretório.