As máscaras de imagem costumam ser usadas ao aplicar transparência, o que talvez o Acrobat não esteja reduzindo a resolução, devido ao risco de causar uma alteração visual no documento. É possível nivelar a transparência (o que pode causar uma aparência indesejada para a imagem) usando a ferramenta Comprovação no Acrobat Pro.
- Acrobat XI Pro > Ferramentas > Produção de impressão > Comprovação > Correções de PDF > Aplainar transparência
Sugiro tentar isso para ver se a aparência das imagens é aceitável para você depois de fazer isso, pois isso reduz o tamanho do arquivo. Alguns processadores comuns do Word e aplicativos similares usam imagens transparentes quando não é necessário, portanto, esperamos que seja o caso para você.