O Ubuntu (e Linux em geral) usa o sistema de arquivos ext4 (ou, anteriormente, ext3) por padrão. O Windows não tem suporte nativo para ler esses sistemas de arquivos. O Windows reconhece apenas alguns sistemas de arquivos selecionados, que incluem variantes FAT (FAT16, FAT32), NTFS, ReFS (Win8.1) e alguns outros.
O Linux, por outro lado, pode acessar a maioria dos sistemas de arquivos que estão por aí. É por isso que você pode ver seus arquivos do Windows no Ubuntu.
Existe um programa chamado ext2read , disponível no SourceForge, que permite acesso somente leitura a partições ext2 / 3/4 . Eu só aprendi sobre isso (a partir de comentários sobre esta resposta!) E não usei ainda.
Uma opção, se você quiser que os arquivos tenham acesso de leitura / gravação pelo Windows e pelo Linux, é configurar uma partição específica usando um dos sistemas de arquivos reconhecidos pelo Windows. O NTFS é uma boa escolha. Você pode então usar esta unidade de qualquer sistema operacional. Uma partição NTFS não possui algumas das vantagens do ext4, mas o seu computador provavelmente nunca vai sentir falta delas:)