Nah! faça uma coisa simples primeiro. Crie um gerenciador de arquivos personalizado. É fácil.
Veja como você pode fazer isso:
Primeiro abra o gedit e cole tudo isso:
[Desktop Entry]
Name=Nautilus
Comment=Browse the filesystem with administrator rights
Exec=gksudo nautilus
Icon=file-manager
Terminal=false
Type=Application
Categories=Application;System;
Agora salve o arquivo como Nautilus.desktop na sua área de trabalho.
(desktop é a extensão do arquivo).
Agora abra:
/home/your user name/.local/share/applications
e corte / cole o arquivo Nautilus.desktop para lá.
Agora abra o dash e procure por "Nautilus". Ele abrirá o gerenciador de arquivos padrão com permissão de root. Agora você pode navegar para qualquer diretório e excluir o que quiser.