Infelizmente, não há soluções perfeitas para esse problema. O NTFS é provavelmente o melhor um ATM, já que a maioria das configurações Linux suportam bem há alguns anos - até mesmo alguns sistemas embarcados, onde as coisas tendem a ser desmembradas por espaço (drive e / ou memória) (por exemplo, alguns set-top media players suportam NTFS). A resposta da MS é exFAT, mas enquanto as últimas versões do MacOS suportam, o módulo Linux relevante só recentemente alcançou um status estável (então não será tão comumente disponível quanto você gostaria) e na minha experiência o exFAT ainda não está como comumente suportado como NTFS (embora muitos dispositivos de mídia de consumidor estejam começando a suportá-lo, então isso mudará rapidamente).
Outra opção é usar ext2 / 3/4 e um driver do sistema de arquivos do Windows como ext2fsd ( link ) nas caixas do Windows, embora Se você precisar usar a unidade em uma caixa do Windows bloqueada (em uma biblioteca ou local de trabalho, por exemplo), onde não é possível instalar o driver do sistema de arquivos ext *, você ficará tão preso quanto as ocasiões em que não pode ler NTFS. Também não tenho certeza se o ext2fsd funcionará atualmente no Windows 8 e Server 2012.
Além disso, você está preso com FAT32 e ferramentas / scripts que dividem arquivos em partes menores quando estão acima de 4Gb.