Para elaborar um pouco sobre o meu comentário, sugiro alterar seu script da seguinte forma:
#!/bin/bash
if [[ $1 = "32" ]]
then
rm config.h
ln -s config32.h config.h
rm Makefile
ln -s Makefile32 Makefile
echo "READY FOR 32 BITS!"
elif [[ $1 = "64" ]]
then
rm config.h
ln -s config64.h config.h
rm Makefile
ln -s Makefile64 Makefile
echo "READY FOR 64 BITS!"
fi
E uma versão mais curta (? inteligente):
#!/bin/bash
rm config.h
ln -s config$1.h config.h
rm Makefile
ln -s Makefile$1 Makefile
echo "READY FOR $1 BITS!"
Observação - seria uma boa ideia, se você fizesse a versão mais curta, incluir alguma verificação de erro - por exemplo, certifique-se de que a entrada seja "32" ou "64" e não outra. Vou deixar isso para você ...