Eles provavelmente foram criados por outro programa (ou por acidente de um comando mal digitado).
Se você realmente não quiser (você pode abri-los para ter certeza de que não precisa deles), poderá excluí-los como qualquer outro arquivo. Com base em outras respostas, parece que eles provavelmente são arquivos de backup.
O til é um caractere especial, então você tem que escapar com uma barra invertida para se referir a ele na linha de comando.
Você pode excluir todos eles com este comando:
rm \~*
Para visualizar o conteúdo de qualquer arquivo, você pode fazer isso:
cat \~example.py