Você precisa ter uma conta que seja um administrador em seu computador e executar cmd como administrador:
Então você será mostrado com uma caixa de diálogo do UAC, se você estiver logado como Admin, clique em sim.
Caso contrário, digite o nome de usuário do administrador e, se o administrador tiver um (o que deve;)), a senha.
Agora use chkdsk