Particionar um disco não aumenta a velocidade. Você se beneficiará mais de um SSD se colocar seu "/" e / boot (se você quiser uma partição separada para ele no SSD. A inicialização do meu sistema a partir do SSD leva cerca de 7 a 10 segundos.
Se eu fosse você, usaria o SSD para "/" e / home como uma partição separada. Mas eu também não usaria / home para seus dados pessoais e mude o ./config/users-dirs.dirs para alterar seus diretórios para o seu 500Gb (então monte-o como uma partição). Dessa forma, todos os arquivos pessoais e todos os seus downloads, etc., não usam o seu SSD. Troque também o 500Gb. E o 2Tb pode ser outra partição de dados.
Em relação ao swap: sinta-se à vontade para levar 8Gb, 16Gb pr até 32Gb. A regra antiga era usar 2x a quantidade de RAM, mas hoje em dia você pode nem precisar dela. Isso realmente depende dos usos: se você hibernar / suspender, precisará. Se você desligar sua máquina (desde que inicialize em poucos segundos), provavelmente não precisará dela com o uso normal.
Lembre-se: se você usar a máquina para o uso mais pesado. Executar um grande banco de dados, executar sites, executar um servidor de jogos ou coisas assim, pode ser melhor para armazenar alguns desses para o SSD e não se preocupar com o desgaste do SSD. Nesse caso, eu faria tudo no SSD e me prepararia para o disco falhar: fazer backup com frequência e ter um SSD sobressalente, ou mais de um, ao lado.