Além da oferta de Paragons NTFS, há também o NTFS-3G , que implementa o NTFS como FUSE (Sistema de arquivos no espaço do usuário ) motorista e é grátis.
Contanto que você controle todos os sistemas que precisam ler / gravar o disco e possa ter um driver NTFS instalado (todos os MacOS, desde que pelo menos 10,4 podem ler, mas não gravar, NTFS), recomendo ir com NTFS como este é um FS muito mais estável e seguro. O FAT nunca foi destinado a ser usado em tamanho FS de tamanho de TB.