No entanto, outra maneira de fazer isso é especificar um padrão de exclusão, para que o rsync não toque no arquivo .htaccess.
rsync --exclude-from=/home/user/.rsync/exclude.pat ...
E o arquivo exclude.pat deve estar neste formato:
- /.htaccess
- .htaccess
A primeira entrada dirá ao rsync para excluir apenas o root .htaccess, o segundo - para excluir todos os arquivos .htaccess dentro da árvore de sincronização. Você pode consultá-lo no manual do rsync.