PCI convencional (do tipo que você encontra em qualquer PC doméstico) é capaz de transferir 133MB / s (megabytes por segundo), existem versões de classe de servidor que trabalham com taxas de dados mais altas, mas não são comuns para usuários domésticos.
PCI-E v1.x, por outro lado, é capaz de transferir 250 MB / s (2,5 GT / s) por faixa para que uma placa PCI-E x4 possa transferir da ordem de 1000MB / s. Versões mais altas do padrão PCI-E podem transferir mais, como um exemplo V2.0 pode transferir 500MB / s por pista.
Assim, como usuário doméstico, sempre será melhor adquirir uma placa PCI-E, mesmo que seja apenas x1.