Eu recomendo strongmente o Arch Linux para iniciantes que desejam entrar no âmago da questão sem a simplificação de uma GUI. Você certamente pode construir o Arch Linux em uma distribuição de desktop, mas o que você faz com ele é inteiramente com você. Se você não quiser nenhum tipo de GUI, você não terá um por padrão. Você também estará exposto a muitas edições de arquivos para alterações de configuração.
Alternativamente, há Gentoo , que realmente vai te jogar no fundo do poço. Pessoalmente, eu acho que o Arch Linux é suficiente, mas se você quiser levar as coisas um passo adiante em direção ao funcionamento arcano do Linux, o Gentoo é o seu cara.
Se você realmente quer entender o Linux e tem muito tempo de sobra, você também pode usar o Linux From Scratch rota.
Se essas opções forem demais, não há como errar no Ubuntu . É uma ótima distribuição que, na maioria das vezes, permite que você acompanhe todo o negócio do CLI, se desejar, mas isso tem o possível efeito colateral de não ensinar muito sobre o Linux como um todo. De acordo com a recomendação de BloodPhilia, a edição do servidor pode ser mais adequada para você.