Coloque tudo em uma unidade externa. 40g não é um monte de dados. "vários gb de cada vez" em um stick USB também pode ser lido como "32gb de cada vez" ... 32gb é um tamanho de usb comum hoje em dia.
Ou apenas conecte um disco rígido USB separado e faça-o de uma só vez.
Ou use seus backups regulares ... você tem esses ou? (observação: este não é um site de usuário final - é um site de administrador. Não fazer backups vai causar problemas aqui).