A maneira mais eficiente é transmiti-los através da conexão. No Unix, o caminho mais fácil é:
tar vc source-dir/ | ssh -C target.example.com 'tar xC /target-dir'
Isso usará tar para agrupar e separar os arquivos em um único fluxo, permitindo a compactação mais eficiente e o uso da largura de banda TCP através do link que você pode obter do SSH - sem sobrecarga de espaço para arquivar os arquivos.