Geralmente eles usam arquivos localizados em algum lugar no disco rígido.
No OSX, a maioria dos programas usa o arquivo de preferências em / Library / Preferences / ou uma pasta em / Library / Application Support / .
É claro que existem aplicativos que tentam esconder esses arquivos, mas se alguém está determinado a fazer uso indevido do período de avaliação, esconder um arquivo não é eficaz.