Existem muitos aplicativos de terceiros que rastreiam a instalação de outro software para criar uma versão portátil do software que você deseja.
Esses tipos de aplicativos são comumente conhecidos como "install tracers", basicamente monitora o sistema de arquivos e as modificações do registro para reproduzi-los de maneira automatizada. Isso evita a necessidade de um procedimento de instalação em outras máquinas.
Note que obviamente uma instalação do software precisa ser realizada uma vez para rastrear quais arquivos o instalador expande e que outras coisas o instalador faz, mas você pode fazer isso, por exemplo, em uma Máquina Virtual.
Eu sugiro que você use VMWare ThinApp porque é a maneira mais automática que eu descobri.
VMware ThinApp is an agentless application virtualization solution that isolates applications from their underlying operating systems to eliminate application conflict and streamline delivery and management.
É intuitivo com uma GUI amigável, e vem com um guia de usuário offline no formato pdf que você também pode ver on-line no site do VMWare .
ThinApp é um produto pago, no entanto, com o modo de avaliação, acho que você poderia fazer a tarefa de que precisa.