Eu também comecei a experimentar congelamentos de desktop no Ubuntu 15.04 ao minimizar certas janelas de aplicativos. Os congelamentos sempre ocorriam em meados da animação, especialmente com o Chromium e o LibreOffice, o que parecia ocorrer com aplicativos que consomem muitos recursos. Eu experimentei configurações swappile "swappiness", mas isso não ajudou. Por fim, usei o Unity Tweak para desativar animações de janelas: Gerenciador de janelas > Geral > Animações de janela (OFF) ... e até agora, isso parece evitar os congelamentos. Irá reportar aqui se o congelamento retornar com a animação desativada.
Acompanhamento: O iniciador do Unity funcionou bem durante um dia, depois ficou sem resposta novamente após minimizar as janelas do aplicativo, mesmo com animações de janelas desativadas. Eu não acho que isso seja um erro gráfico direto, afinal. Talvez este seja um problema de desenvolvimento na transição gradual do Ubuntu do X.org para o servidor de exibição Xmir / Mir. A dificuldade é que esse (mis) comportamento não é reprodutível de forma confiável. Atualmente, a única solução é Ctl-Alt-F1 para tty1, use o comando 'top' para verificar o nome do aplicativo congelado (Q para sair no topo) killall (repetidamente, se for para procurar pelo Chromium, até que "nenhum processo encontrado" seja reportado,) e, em seguida, retorne à área de trabalho do Unity com o Ctl-Alt-F7.