Quando os programas de 32 bits acessam determinadas partes do Registro , eles estão sujeitos para Redirecionamento WOW64 . Para fins de compatibilidade, eles têm uma visão diferente do Registro do que o que está realmente lá. Portanto, programas instaladores de 32 bits não veem suas alterações.
Você também precisa alterar os valores neste caminho:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\WOW6432Node\Microsoft\Windows\CurrentVersion
Os aplicativos de 32 bits verão e usarão as configurações escolhidas.