O problema é o seu passo 2. Você sobrescreveu a chave pública [email protected] com a sua chave pública Cygwin. Não é isso que você quer.
Você deve, em vez disso, adicionar sua chave pública às chaves autorizadas [email protected]. Isso pode ser feito manualmente anexando seu id-rsa.pub ao /root/.ssh/autorized_keys (no CentOS), ou executando automagicamente o ssh-copy-id no Cygwin.
ssh-copy-id [email protected]
Ele solicitará sua senha e você deverá estar bem.
Além disso, você deve recuperar a chave pública [email protected] ou gerar um novo par, se não for inconveniente.