Eu tenho visto os mesmos pontos críticos do GTK também na minha instalação 9.10 com o gVim. Isso é supostamente corrigido pelo patch 7.2.257 . O Ubuntu 9.10 está fornecendo o Vim 7.2.245, então veremos os avisos no Ubuntu até que eles atualizem seu pacote vim para pelo menos 7.2.257. Não parece ter qualquer influência na funcionalidade do gVim.
Além disso, parece que você precisa instalar ctags exuberantes:
sudo apt-get install exuberant-ctags
Finalmente, a linha 261 no seu .vimrc está apontando para um arquivo não existente. Talvez a variável de ambiente $ HOMEPATH não esteja definida?