O que aparece na sua área de trabalho é um amálgama de duas pastas, sua área de trabalho pessoal ( %USERPROFILE%\Desktop ) e a área de trabalho "Todos os usuários" ( %PUBLIC%\Desktop ), e há desktop.ini em cada.
Se você clicar com o botão direito do mouse e examinar as propriedades de cada arquivo, verá os diferentes locais.