Sim, o Windows XP e o Vista ainda podem ler / gravar discos rígidos formatados em FAT16.
Eu tenho vários discos rígidos externos formatados em FAT16 e nunca tive problemas para ler ou gravar em qualquer um deles com o Windows XP e o Windows Vista (e Windows 7).
Tornou-se mais comum (novamente) formatar unidades usando FAT16 para que possam ser usadas com alguns dispositivos externos. Eu uso o meu para ligar a um leitor de DVD com uma porta USB externa. Eu ainda tenho que ler / gravar os arquivos do Windows XP / Vista / Win7. Sem problemas.