Você poderia usar o GPG (GNU Privacy Guard, a implementação GNU do padrão OpenPGP), há um módulo de wrapper para o Python em link
Uma grande vantagem do uso do GPG é a capacidade de implementar criptografia assimétrica: você geraria um par de chaves pública / privada e só precisaria armazenar a chave pública na configuração do seu script python.
A chave particular só seria necessária para descriptografar os dados mais tarde e, como tal, não precisaria ser acessível a partir do seu script python.
Aviso de isenção de responsabilidade: Eu não usei pessoalmente o wrapper de python do GPG, mas parece bastante simples: link