Eu costumava me perguntar por que excluir diretórios via PHP ou shell não era tão fácil quanto era no Windows com apenas clicar em excluir. Eu percebo agora que a exclusão é simplesmente desvinculando arquivos da tabela de alocação de arquivos, portanto, para excluir um diretório, você deve desvincular todos os arquivos dentro dele.
É possível que a entrada do diretório seja removida, mas não os arquivos dentro dela? Os sistemas operacionais verificam periodicamente arquivos que não podem ser acessados no sistema de arquivos?
Muitos UNIXes têm um comando unlink que permitirá ao usuário root desvincular um diretório, mas não recursivamente desvincula o conteúdo do diretório, portanto é muito perigoso. Se isso acontecer, use fsck para recuperar o diretório desconectado, que aparecerá na pasta lost+found do sistema de arquivos com um nome aleatório (já que o nome foi perdido quando o unlink aconteceu).
Sim, é possível, bastante improvável, já que existem procedimentos no sistema operacional para evitar que isso aconteça, mas erros de disco e estranheza podem fazer com que as coisas aconteçam.
Em geral, isso é o que é chkdsk , fsck e uma série de outros utilitários são projetados para fazer. Eles leem as tabelas de alocação e as combinam com as entradas de arquivo conhecidas ... qualquer coisa errada faz com que algumas ações sejam tomadas.
No Windows, você pode sinalizar para o Windows que você gostaria que uma verificação fosse feita procurando na opção Propriedades ao clicar com o botão direito do mouse nos ícones da unidade. Em seguida, o pode fazer a verificação, embora o Windows pareça estar favorecendo as verificações de disco de inicialização, e ele dirá que ele fará isso na próxima reinicialização.
No Linux, ... você pode se machucar seriamente brincando com o utilitário fsck em um sistema ativo, e é por isso que as caixas Linux geralmente sempre fazem seus ChecKs de Sistema de Arquivos (fsck!) durante a inicialização. A simples reinicialização geralmente fará com que uma verificação aconteça. (embora eu saiba que arrancar a energia do meu servidor doméstico quando o no-break falha também dispara um!) (o sistema de arquivos está marcado como sujo)
OS X? Nenhum palpite. Meio que imaginei que você bebia um Latte perto da máquina e consertava o que estava errado com o GeniusBar. (Você provavelmente precisa estar em ou perto de um Starbucks ™ também, eu acho)