Provavelmente, adicione também a maneira de fazer isso com avconv :
avconv -i input.avi -c:v copy -c:a copy output.mp4
Se você está compilando libav da fonte para fazer isso, você precisa ter certeza que você ativou o muxer mp4. Você pode fazer isso com
./configure [your other options] --enable-muxer=mp4
Normalmente, ele está habilitado por padrão de qualquer forma, mas eu estou fornecendo aqui caso você esteja usando --disable-everything ou --disable-muxers em algum lugar nas opções regulares.