O ffmpeg não alterará a profundidade de bits e a taxa de amostragem, a menos que você o informe (ou o codec de saída não o suporta, mas provavelmente falhará). Então, isso deve ser o suficiente:
ffmpeg -i input.flac output.wav
Quanto à remoção de metadados, consulte Remover metadados de todos os formatos com FFmpeg - basicamente você só adiciona a opção -map_metadata -1
.