Para super-resumir, você pode usar esse aviso pelo valor de face. Qualquer partição que tenha o bootloader que você deseja usar deve ser marcada como ativa (não importa onde estejam os sistemas operacionais, exatamente onde o bootloader está). Nunca há qualquer razão para marcar uma partição diferente como ativa, a menos que você queira usar um gerenciador de inicialização a partir dessa partição.
Se você tornar sua máquina não inicializável dessa maneira (definindo, por exemplo, uma partição sem nenhum carregador de inicialização como ativo), será necessário inicializar em um ambiente de reparo do LiveCD ou do Windows ou algo parecido (ou escravo unidade para outra máquina) para consertá-lo. É uma solução fácil, mas requer um ambiente para isso.