Se os seus dados contiverem aspas duplas, vírgulas ou caracteres de nova linha, o Excel agrupará esse campo entre aspas duplas no arquivo de texto (e duplicará as aspas duplas existentes).
Confira esta entrada da Wikipedia sobre as "Regras básicas" para arquivos CSV (que o Excel parece seguir).
Infelizmente, o Excel salva assim, e não há muito o que fazer sobre isso.
Você pode ter que escrever uma macro VBA para desmembrá-los (se possível) ou escrever um programa para retirá-los após o fato, ou talvez usar um editor de texto e pesquisar e substituí-los por "null" ou um implementação do grep ou similar.